Le Conseil d’administration d’afaïa est composé d’adhérents élus par l’assemblée générale, pour une durée de trois ans renouvelables. Ils sont actuellement quinze membres issus des trois typologies de produits représentés. Ils prennent l’ensemble des décisions stratégiques du syndicat, mettent en œuvre les décisions prises par l’assemblée générale et décident du mode d’organisation.